吸收了大量的社会闲散资金以后，银业也有足够的资金进行贷款投资，而且现在浙江的海外贸易十分发达，又促进了手工业的发展，加上商毅又制定了一系列保护扶持手工业的政策，大大小小的工厂，手工作坊也一个一个的建立起来，这些商业行为，自然也需要大量的资金。因此毎天都有不少向银行申请贷款的人。特别是在杭州和苏州地区，还都排起了长队。
虽然现在南京失守，清军的兵锋己经打到了浙江省外围，但由于有前一段时间的积累和基础，浙江地区的社会生活暂时没受到太多的影响，商业来往还是十分频繁，因此在各地开设的分行，毎天都有大量的银钱交易发生，仅收取的佣金就高达数万两白银。这还不算代款的利息。
商毅对银行的业务进行状况十分满意，也看得出林凤舞确实花费了一番心血。因此也道：“凤舞，你做得很好啊！真是多亏了有你。”
听到商毅的夸赞，林凤舞心里也觉得十分甜蜜，也把少许的不快都忘了，甜甜的笑道：“相公说那里话，这些鄀是人家应该做的啊，而且能帮相公做些事情，我心里也是很高兴的。”顿了一顿，又道：“不过我到是还想和相公商量一下，现在我们也遇了好几个问题。”
商毅道：“有什么问题？”
林凤舞道：“首先是银行的数量不够，目前我们的分行还是围绕着杭州府设立，而且主要是分布在沿海地区，至少现在松江、金华、温州、台州这四个地方都需要设立分行。而且就是在杭州府、苏州府里，也都只有一家银行，可以考虑在城里设立二到三个分行，甚致可以在府城以外的其他州城里设立分行。不过要多开分行，人手也不足，现在每个分行里业务繁忙，有很大一部原因的雇员的办事太差，我亲眼看过，一个熟练的雇员的速度要比一个新雇快三四倍。”
商毅点点头，想了一想，道：“凤舞，我想银行现在不宜发展的过快，我们的银行开展的时间并不长，而且经营方式也和以前的钱庄、飞票有很大的不同，还不知道以后会遇到什么问题出现，现在还是宜缓而不宜急，宁可让银行的发展慢，也要力求稳定。如果摊子铺得太大，一但出了事情，也扰难难以收拾了。而且现在的局势你也清楚，战事还是在第一位的，因此我认为目前还是保持七个分行的规模，以积累经验为主，而不是扩张经营，先把这七个分行经营好再说。至少在我们收复南京之前，不要再开设新的分行了。不过在同一城市里，如果经营的好的话，可以再开设一家分行。”
林凤舞也点了点头，她对商毅还是十分信服的，因为银行的许多经营模式都是商毅教给她的，其中大部份可都是她以前根本就闻所未闻的，但事实却证明确实非常有用，因此也道：“相公说是，其实就目前来说，七家分行己经够了，其他地区都可以缓一缓，就近使用。”
商毅又道：“还有人员的事情，我们现在的专业银行人员确实太少了，我看可以对外公开招聘，只要是能读书识字，懂得一些计算就可以了。等招进来之后，再对他们进行专门的培训，然后分到七家分行是实习，让他们积累经验，有才能的人也就会脱颖而出。我看现在能读书识字的人有不少，而且正是战乱时期，也不可能开科取士，他们也都要生存，因此只要是待遇优厚，相信有不少人都愿意到银行来工作的。这样我们一边积累经验，一边继续培养人材，等以后需要扩大经营了，各方面的条件也都成熟了，这样也能避免许多的风险。”
林凤舞也听得十分信服，道：“还是相公想得周全。明天我就招集各分行的行长开会，制订一个俱体的方案来。不过还有一点，现在可是等不及，至少明年就要马上办了。”
商毅笑道：“是什么事情，这么着急吗？”
林凤舞道：“对呀，现在浙江地区的铜钱不够用了。”
虽然现在白银是中国主要的流通货币，但铜钱依然是不可缺少的，因为白银是以实际重量为价值单位的，“两”是白银的最基本单位，虽然后世有人以米为中介物进行换算，得出一两白银大约拆合三百到六百元左右。不过米在古代和现代的实用价值比重不一样，因为现代人是以米为基本主食，而在古代，绝大多数人根本就吃不上真正的大米，因此这种换算并不准确。在实际上，一两白银在中国古代是够上一个普通人家一个月的生活费了。
虽然白银也可以拆成“钱”和“分”的小单位，但要把整银砸开，不但十分麻烦，也难以分得精准，不如铜钱使用方便。由其是在民间零售方面，铜钱还是重要的流通货币。
随着浙江地区的商业发展，零售业同样也得到了极大的发展，因此铜钱使用频率和需要量也越来越大。而且现在银行开展了针对散户的业务，不可能全是整银交易，也需要大量储备铜钱。
但铜也是铸炮的重要军用物资，浙江地区的铜矿十分缺乏，现在大部份的铜来源需要依靠从日本和菲律宾进口，也是浙江地区重要的进口物资。这么宝贵的资源，商毅当然不可拿来铸钱用，甚致还会收集过一部份铜铁，用来铸炮。而浙江地区的海外贸易收入，几乎全是用白银支付，相反还会流失一部份铜钱。结果就造成了浙江地区的铜钱越来少了，变得不够用了。
商毅听了林凤舞的话之后，想到的却是另外一个问题，其实早在开设银行的时候，他就已经想过，就是要自已铸造发行流通的货币，这也是银行的重要职能之一。而且现在银行己经在浙江地区建立了相当的信誉基础，因此这个条件己经初步成熟了。
当然在商毅的想法中，还不准备发行纸币，主要是因为在明朝初期纸币发行泛滥，不少百姓对纸币依然不放心，因此新的货币将是以银币为主，辅以少量的金币，彻底淘汰铜币，以节约铜资源。
其实中国的银矿资源比铜还少，在明朝之前，都是以铜钱为主要流通货币，但由于在古代中国是亚州地区的经济核心，因此中国的铜钱在周边国家都可以流通，结果其他国家都使用中国铜钱，造成了中国铜钱的流失很大。也制约了中国商品经济的发展。在宋元时期，中国己经产生了钱币，就是因为铜钱的使用供不应求。
在明朝开国的时候，政府曾大量发行纸币，但由于当时缺乏金融知识，没有本金和本银做保障，纸币发行泛滥，而且政府税收又不能用纸币交纳，因此也造成了纸币大量贬值，最严重的时侯，纸币的实际价值还不足面额的一成。
不过到了明中期时，由于大航海兴起，新大陆的发现又在美州地区开发了大量银矿，东西方的贸易开始骤増，由于中国的商品竞争力远远超过了其他欧州国家，因此欧州国家从美州掠夺、开来的银矿都大量用来购买中国的商品，使白银大量流入中国，反到是解决了中国货币不足的问题，结果造成了本来不产白银的中国，却变成了以白银为主要的流通货币。而且从客观上来看，中国已经在无意之间，和世界同步进入了银本位的货币体系。
而且商毅知道，尽管中国没有银矿，但在未来三百年内，中国商品世畀竞争力的地位都是不可动摇的。因此中国并不缺少白银的来源。致于三百年以后，按世界的发展趋势，银本位会向金本位发展，而流通货币，也将会以纸币为主，那就更不用担心了。
现在浙江也储备了大量的白银，差不多足够十年所用的了。因此现在完全可以建立一个并不是以白银重量为实际价值，而是真正以银本位为主的货币体系。这样一来，在政府出现财政危机时，可以通过大量发行货币，人为造成通货膨胀来度过，但由于还是以银为主体，又不会像纸币一带泛滥发行。同时可以进一步加快金融秩序和货币体系的成熟与完善，为以后发行流通纸币打下一个基础。
当然建立一个全新的货币体系，是一个复杂而长期的过程，并不是说把钱铸出来，就能拿出去用的。但当前来，还是以军事为主，铸造货币的工作，致少要等到收复南京以后再进行，不过现在可以做一些准备工作。
商毅把自己的构想告诉林凤舞之后，林凤舞也被商毅的大胆想法吓了一大跳，虽然林凤舞还不能理解建立一个新的货币体系的重大意义，不过林凤舞久在海外，而且见惯商业来往，也见过不少欧州各国铸造的精美金银币，当然知道使用银币确实出银碇方便。因此也对商毅打算自己铸造新银币十分支持，而且这项任务由自己来主持完成，也颇有些跃跃欲试。
两人又商讨了一下，比如制定金银币的面值，金银币的样式，金银币之间的兑换，还有金银币和现有的白银、铜钱的共同使用的时候，又如何进行换算等等这些，都是前期准备的工作，然后林凤舞这才带着一大堆的问题离开，马上去招集银行的下属人员讨论。
第四卷 纵横篇 第四十六章 郑成功来访（上）
林凤舞刚刚离开，明石姫就赶来向商毅报告，原来在福建称帝的隆武朝廷向浙江派出了使臣，策封商毅。而这次派出的使臣不是别人，是由郑芝龙的儿子，刚刚被朱聿键赐姓改名的郑成功。
商毅听了，也觉得有些意外，自从自己和郑芝龙达成了海外的贸易协定，郑芝龙让出了通航菲律宾的贸易航线，而商毅也尊守郑芝龙对日本的贸易权，同时保证浙江向郑芝龙提供优惠的商品，经过了二年多的时间，双方也都相安无事，各自经营各自的海外贸易。
不过双方之间只有经济来往，而商毅和郑芝龙之间的交流并不多，只是逢年节的时候，互相问候一下。后来商毅攻占了琉球群岛，又登陆日本，打得萨摩藩割地赔款，一度扬威海上，也有人认为商家军有足够的实力保护自己的海外贸易，没有必要再向郑芝龙让步了。但商毅这时仍然不愿和郑芝龙翻脸，依然恪守之前达成了海外的贸易协定进行海外贸易。因此依然不变。
在南京战役其间，商毅在南京抵抗清军，而郑鸿逵放弃镇江南逃的时候，把逃到镇江躲避清军的唐王朱聿键也带回到了福建，而在南京失守之后，郑芝龙却听从郑鸿逵的建议，在福建拥立唐王朱聿键为帝，广东，江西、湖南等地也都奉朱聿键为正朔，在目前的南方各王之中，算是势力最大的。
但在这个时候，郑芝龙派郑成功为使者，来到杭州策封商毅，决不仅仅是让商毅向隆武朝廷臣服那么简单。因此商毅也向明石姬道：“有没有其他的消息，郑芝龙到底有什么打算？”
明石姬微微一笑，道：“相公怎么知道郑芝龙是另有打算呢？”
商毅看了她一眼，道：“你想考我吗？我们己经向整个南方都公布了，无论是那一个藩王建立朝廷，我们都可以认同，反过来说，也就是都不认同。郑芝龙也不会不知道的。现在谁都知道，隆武朝廷是郑芝龙说了算，但我们浙江的势力也并不比他差，他凭什么要我们向隆武朝廷臣服呢。而且随便派一个官员来不就可以了吗？为什么偏偏要派他儿子来呢？这说明郑芝龙实际上是想和我们谈判，派他儿子来，一是表示诚意，二是谈条件可以拍板决定。”
明石姬笑道：“相公真是目光如注，一下子就料中了事实。”
商毅在她脸拧了一把，道：“少拍马屁了，快说，倒底是什么回事。”
原来郑芝龙虽然拥立朱聿键为帝，郑氏一族也都过足了官瘾，不是封公就是拜候，但郑芝龙心里清楚，什么太师、公爵不过都是浮云，清军迟早都要打到南方来，因此也招集亲属部下商议如何抵御清军。
郑鸿逵在镇守镇江的时候，是和清军碰过面的，深知清军的厉害，而郑芝龙的势力虽然不小，但主要是在海上，而陆战力量确实一般，绝对不可能是清军的对手。因此也有人提出来，可以联合浙江的商毅一起抵抗清军。郑芝龙也觉得这个建议很好，他也知道现在整个南方也只有商毅能够和清军正面抗衡，而浙江正好又在福建的北方，可以替自己挡住了清军，如果能够以隆武朝廷的名议和商毅联合抗清，当然对守住福建广东之地大有把握，同时集浙江、福建、广东、江西等省之力，在南方也是大有可为的。而且现在自己控制着隆武朝廷，策封商毅也是合情合理。
但郑芝龙又有几分担心，因为商毅的实力不在自己之下，万一把商毅招到隆武朝廷中，和自己争夺权力应怎么办，因此也不能不防，最好的办法是商毅守在浙江，而自已守住福建、广东，互为犄角之势，但又互不相扰。毕竟清军来进攻福建，首先是要跨过浙江。
这样一来派出的使者可就不能是普通人，不仅要表现出自己的诚意，同时还要能够代表自己和商毅谈条件，这样的人选可并不多，最后思前想后，决定派儿子来最好。
听明石姬说完了前因后果之后，商毅想了一会儿，道：“能够把郑芝龙的目地打听得这么清楚，看来我们在福建、广东的工作开展得很不错。”
明石姬点了点头，道：“福建、广东都是海外贸易发达的地区，因此在过去也是玄皇教的重点发展地区，玄皇教在这一代的基础很深，而且还有不少产业经营，和地方势力都有些来往，就是在郑芝龙面前，我们也说得上话去。”
商毅听了，也不由庆幸，收下明石姬果然是正确的，玄皇教两百余年建立起来的这些资源确实太有用了，如果让自己从头做起，没有个五六年的时间，根本不可能发展到这一步。于是道：“通知广东、福建的情报人员，对郑氏一族的行动都要加以注意，任何消息都要传回来，不能有一点遗漏的地方。”
明石姬怔了一怔，道：“相公是打算攻占福建、广东之地吗？”
商毅道：“你觉得这样做对吗？”
明石姬道：“在收复南京以前，我们西、北二面都被堵住了，唯一的发展方向就是福建、广东，这么计划到是不错。但现在我们正和清军对持，那有足够的军队去收取福建、广东呢？而且不管怎样，隆武朝廷也算是明朝的一个傍支，现在就去打他们，恐怕不好。至少也耍等到收复了南京之后再说吧。”
商毅笑道：“收复了南京，那么我向西的道路就打通了，还用得着去打福建吗？而郑芝龙到底也是汉人，在这种时候那能同室操戈呢？我要做的，是加强预防。”
明石姬道：“相公是怕郑芝龙来进攻浙江吗？现在我们浙江正为他挡着清军，唇寒齿亡的道理，他应该是懂后。”
商毅道：“在正常的情况下，郑芝龙当然不会来进攻浙江，但如果他向清廷投降了呢？”
明石姬怔了一怔，道：“投降，郑芝龙怎么会向清廷投降呢？”
商毅当然不会说是因为自己知道在另一时空里郑芝龙就投降了清廷，因此才不得不有所预备，只是道：“怎么不会，郑芝龙本来就是海盗出身，唯利是图，并没有什么民族大义观念，而清廷已经派出洪承畴南下督师，他熟悉南方的情况，又是郑芝龙的老乡，因此有可能会诱降郑芝龙，将南方各势力分化消灭，我们也不得不防。而且福建、广东我们早晚也是要取的，就当是提前做一些准备吧。”
对商毅关于郑芝龙会降清的推论，虽然听起来很有道理，但太过于免强了，不过后一个理由到是非常合理，因此明石姬也答应了一声，正要出去，忽然又道：“那么对福建来的使臣一行呢？相公准备怎样接待他们？”
商毅淡淡一笑，道：“当然是以最高之礼接待，越隆重越好。”
第四卷 纵横篇 第四十七章 郑成功来访（下）
虽然在另一时空里，郑芝龙选择了降清，但现在整个历史都已经发生了变化，郑芝龙会不会真的降清还不好说，因此商毅必须要尽力争取。那怕是让郑芝龙保持中立态度也算不错，至少不用三面同时受降。
而且对于郑成功，商毅心里也有一点歉意，因为收复台湾是郑成功最重要的历史功绩之一，但现在这个功绩己经被商毅先一步抢到手了，郑成功估计不大可能有这个机会了。
不过郑成功能够成为中国古代著名的民族英雄，并不仅仅只是因为收复了台湾，而是他始终坚持民族大义，抵抗满清入侵，是另一时空里是南明后期两面坚持抗清的旗帜之一。否则收复台湾的，并不是只有郑戍功一人，比如施琅，就永远成不了民族英雄。
现在两面坚持抗清的旗帜中的一面，李定国己经成为商毅的部下，而商毅也希望能够借这次接见的机会，坚定一下郑成功的立场。并争取通过他来影响郑芝龙。因此也给了郑成功高标准的接侍，当然这也是商毅的一惯作风，对明室在表面上要保持应有的礼敬。
郑成功一行是从海上来到杭州，在四月十二日，在钱塘江的入海口登陆，而商毅也派出王夫之到码头去迎接。而在郑成功一行到达杭州城的时侯，商毅也带着杭州的众官员在城门口等候，随行而来的还有史可法、吴甡、黄宗羲等寄留在杭州的明朝官员。
以前商毅和郑成功有过一面之缘，不过那个时候他还叫郑森，其实现在应该是叫朱成功才对，郑成功是他后来恢复“郑”姓之后的名字。
两批人员会面之后，郑成功首先抢步上前施礼，道：“成功参见督师大人。”
商毅也还了一礼，笑道：“明俨，不必客气。当年一别，巳经有二年时间了，但明俨的风釆更胜以往了，可见非吴下阿蒙可比。当初我说明俨是‘雏凤清于老凤声’，看来也为时不远了。”
郑成功到是有些受宠若惊的样子，赶忙道：“督师太过奖了，成功不过是一介无名之辈，仗父辈余荫，才有些许薄名，岂敢当大人如此盛赞。”
虽然商毅的年纪只比这个时候的郑成功大五六岁，但却完全是一付前辈对后辈的口气说话，但在场所有的人，包括郑成功的一行人，都不觉得有什么不对，因为商毅现在的资历，实力、官职，就是郑芝龙都要稍色一筹，而郑成功现在尽管受封忠诚伯，还得到朱聿键的盛赞，又是什么赐姓，又是什么改名，但谁都知道这一大半都是看在郑芝龙面子上。郑成功现在在人们的印像中，不过是个官二代加富二代，依靠着父辈的基业，才混到现在的地位。当然在目前只有商毅知道，其实郑成功在军政商各方面都俱有相当的才能，可不是一个普通的纨绔子弟。
而商毅现在己经是声名惯耳，可以改变天下大势的人物，因此能够得到商毅的赞誉，尽管郑成功也知道是客气话，但依然十分激动。当然从商毅的态度也可以看出，他还是有意要和郑芝龙搞好关纟的，因此郑成功心里也有了几分底。
随后商毅又把郑成功请到公堂上，郑成功这才说明自己的来意，是代表隆武朝廷来策封商毅，并且还带来了策封的礼物。而商毅首先接过了诏书，向南遥拜，然后又对郑成功把自己不干涉皇帝争夺的原则道理说了一遍。
对商毅的这番借口，郑成功在出发之前就己经和郑芝龙商议过了，也早有准备，毕竟这样的结果也不错，至少商毅不会反对朱聿键。而且郑芝龙也没指望过商毅能够真正归属到隆武朝廷中来。因此也赞扬了商毅几句，慢慢的把话题扯到抗清上来，郑成功道：“当日南京城破，大人以孤军守卫南京达一月之久，虽败犹容，而后又独守浙江，抵抗清军，屡败清虏，力保东南半壁不失，成功深感敬佩，如果大明子民都如大人一般，又何惧清虏呈凶呢？”
商毅点了点头，道：“保家护境，安民为国，仍是我当尽之责，何况天下兴亡、匹夫有责，既为华夏子孙，又岂能任胡虏纵横中土，必然竭力抵抗，犹死而己。”不过我看清虏暂时难以攻入浙江。
郑成功也听得颇为奋概，道：“大人所言极是，成功恨不能追随大人，亲抗敌酋，为国尽力，方不负一生。”
商毅笑道：“眀俨能有此壮志，我也甚感欣慰。不过如果明俨想要迎战清军，到是不用随我出战。我料清军一时攻不下浙江，恐怕会借道江西，转攻福建，到了那时明俨自然可以一了心愿了。不过清军势大，因此明俨回到福建，请转到唐王陛下，早作准备，不可不防。”
郑成功立刻站起身来，概然道：“商督师尽管放心，清虏若是真的杀到福建，成功当亲自向隆式天子请令，带军出战，必在阵上亲手斩几个酋首，既使马革裹尸，但也决不让清虏踏入福建半步。”
商毅点了点头，他看得出来，郑成功刚才那些话确实是出自肺腑。后世一些学者认为，郑成功一生坚定抗清，是因为母亲死于清军之手，要为报母仇。其实这种说法并不正确，因为在郑成功的母亲未死之前，郑成功就多次曾哭谏劝告父亲郑芝龙不要降清，可见那时的郑成功就己经有了抗清之心，母亲之死，只不过是更坚定了郑成功的这科决心。
郑成功和父亲郑芝龙选择了截然不同的道路，其实是有很深刻的原因，因为郑芝龙是海盗出身，幼时就随舅父在海外经商闹荡，在受明朝招安之前，一直流离于海外各国之间，对民族、国家的归属感并不强，凡事唯利是图，接受眀朝的招安，也不过是想找个对抗荷兰人，发展海外贸易的依靠，并非出于对明朝的认同。
不过正如大多数受招安的盗贼一样，郑芝龙接受了明朝的招安之后，也想把郑氏一族彻底洗白，改变海盗的名声，对郑成功的教育颇为严格。因此郑成功幼时并没有像父亲那样辗转海外，而是在国内接受正统教育，十五岁升入南安县学，十九岁参加乡试，二十岁考进南京国子监，成为一名监生，并拜钱谦益为师。如果不是清军入关，也许郑成功会通也科举，走上另一条道路。正是这种经历，才造就了郑成功始终坚持中华正统的是非观念。
在隆武朝廷建立之后，郑成功随郑芝龙朝见朱聿键，颇受朱聿键赏识，亲抚其背道：“只恨朕无女可许卿家，卿当尽忠吾家，无相忘也。”下令赐他“朱”姓，并改名为“成功”，并封他为御营中军都督，仪同驸马。虽然朱聿键的做法有一大半是为了拉陇示好于郑芝龙之意，但对郑成功来说，仍然是一种莫大的殊荣，对朱聿键自然也是感激不尽。
正是因为己经有了这些因素，才使郑成功在对清态度上与郑芝龙完全不同。因此商毅心里也有数，这一点并没有改变，立刻下令设宴招待郑成功一行。
但酒宴摆下之后，郑成功才意外发现，居然有一半的饭菜是日式料理，心里也不仅暗暗的吃惊，商毅这是有意而为的吗？他竟然对自己的身世了解得这么清楚吗？
现在的郑成功，只是一个无名之辈，可还不是后来著名的国姓爷，因此他的身世现在还并不为世人熟知。但商毅却知道，郑芝龙的元配妻子，也就是郑成功的母亲，叫田川松，是日本肥前平户侯的家臣田川七左卫门松庵之女。
不过位田川七左卫门松庵，其实是一个中国人，本名叫翁翌皇，是福建泉州人，以铁匠为生，后来移居日本平户，娶日本田川氏，形同入赘，改日本名为田川七左卫门松庵，为邑主锻刀剑，而成为平户侯的家臣。因此在后世一些著作中，把郑成功的母亲田川松，写做翁氏，也是正确的。
郑成功在出生以后，一直随母亲生活在日本平户，七岁时才被郑芝龙接到中国定居。另外这位翁氏夫人其实为郑芝龙生下两个儿子，小儿子过继给了田川氏，取名为田川次郎七左卫门，一直生活在日本。后来成为郑成功在日本的重要贸易伙伴。
而商毅在招待郑成功的宴席上，居然排出了日式料理，既表示商毅对郑成功的重视，这也说明商毅对郑氏父子身平事迹的了解，同时也表示商毅在日本也有相当的基础。这当然令郑成功吃惊不已。这才知道商毅能够取得今天的成就，决不是偶然的，单是这份情报工作，就可见一斑了。
虽然商毅一直对郑芝龙保持着友好的态度，在不违返大原则的情况下，也尽量让步，但也不希望让郑芝龙感觉自己是真的软弱可欺，借这个机会也是告戒郑芝龙，你的老底我都清楚，别以为我怕你。
郑成功心里虽然吃惊，但表面上却也不动声色，依然和商毅把酒言欢，并且在酒桌上达成互相扶持依靠，共同抗击清军的协议。
第四卷 纵横篇 第四十八章 清军整顿（一）
就在商毅和郑成功达成浙江、福建两省互相协作抗清的协议时，洪承畴一行人也到达了南京。不过在来南京之前，洪承畴首先到达归德府，见到了豫亲王多铎，向他传交了多尔衮的命令，并给多铎加平南大将军衔，给阿济格加扬威大将军衔，并且请多铎随自己一起渡江，到南京主持大局。
因为这一次洪承畴到达南京之后，首先的任务，是要调阿济格北还，那后才能重新整顿清军。但尽管现在洪承畴大权在握，有便宜行事，先斩后奏之权，但这些东西对阿济格来说都没有，只有把多铎带上，才能制得住阿济格，同时也能稳住江南的清军。而且现在清军的重心在江南，阿济格北还之后，多铎肯定是要到江南去坐镇的。
看了多尔衮的诏书之后，多铎也清楚兄长的用意，而且他也对阿济格冒失的对吴、尚二人的处理非常不满，因此也把归徳府的事务料理了一下，命正黄旗固山额真谭泰代替自己驻守归德府，主管江北的军务，命正白旗固山额真阿山驻守徐州，以防鲁南的商家军。贝子尚善驻守凤阳，牵制扬州的商家军。然后带着贝勒尼堪、镶黄旗固山额真尹拜图，伊尔德、阿济格尼堪等人和洪承畴一起渡过长江，来到了南京。
见到了阿济格之后，洪承畴也宣读了多尔衮的诏书。阿济格一听要调自己回去征讨蒙古苏尼特部，立刻就火了。虽然说被加了扬威大将军衔，但谁都知道，让他从南京回去，征讨蒙古，其实就是一种变相的惩罚，因此心里当然不舒服，听完洪承畴宣读之后，立刻道：“我辛辛苦苦打下了南京，没有功劳也有苦劳，凭什么让别人来捡现成的果子，还要把我派到蒙古去喝西北风。我就留在南京，那儿也不去。”
多铎声色俱厉道：“十二哥，你这是说的什么话，打下南京是你一个人的功劳吗？再说你打下南京之后，又弄成什么样子，自己心里也清楚，差一点就把吴三桂他们几个逼反了。现在蒙古苏尼特部叛乱，派你去平定是给你一个将功赎罪的机会，又怎么不行呢？而且这是十四哥下的命令，你有什么不满，就回北京去和十四哥说去，留在南京不走，是什么意思。”
兄弟两人互相怒目而视，对看了好一会儿，阿济格也不禁有些泄气。因为多尔衮和多铎关系好一些，争执起来的时侯，两人总是站在同一战线上对付阿济格，因此在他们兄弟三人中，虽然阿济格是老大，却总是争不过两个弟弟。而且阿济格虽然作战勇猛，但脑子并不好使，以前没少吃皇太极的暗亏，也习惯了凡事都听两个弟弟的意见，这时虽然发了一通脾气，最后还是老老实实的听命。开始和洪承畴、多铎办理交接手续。
洪承畴见说服了阿济格，也放心了不少，让多铎与和阿济格办理交接，当然被抓的潞王朱常淓己及其他的明室宗族，还有南京降清的大臣们，也都随阿济格一起去北京。而洪承畴又立刻下令，招吴三桂、尚可喜、耿仲明到南京来入见。
这时吴三桂还驻军在宁国府，现在也是左右为难，骑虎难下。
自从和尚可喜、耿仲明联名上书清廷，请求领军取南方各地之后，其实吴三桂也有几分后怕，虽然三个人约定了攻守同盟，而且也做好了最坏的打算，如果实在没有办法，三人也决定，干脆举兵向商毅投降算了。因为他们也都知道，商毅曾经收降过李成栋。应该对自己请降不会拒绝，而且自己还可以用帮助商毅收复南京来做为晋见之礼，也算是交了头名状了。
不过打算得虽然很好，但从心里来说，吴三桂可还是不想和清廷反目，谁知道投降商毅会有什么结果呢？而且吴三桂心里也清楚，虽然都是降将，但自己可不同于李成栋这样半途投降的小角色，自己是引清军入关的关建人物，商毅能接纳李成栋，但未必能够接纳自己。
如果到时候自己和清廷反目，商毅又不纳降，那可就只有死路一条了，因此吴三桂也觉得自己就像是走有一根钢丝上一样，战战兢兢。由其是奏本发出之后，差不多有一个月了，还没有任何回音，吴三桂也越来越焦虑，只好每天都在计算，清廷会怎样处置自己，是会同意自己的要求，或者是和自己反目。
现在自已和尚可喜、耿仲明三人合兵有二十多万，清廷应该不会轻易和自己反目吧，但凡事都有万一，谁知道那帮满人怎么想呢？虽然降清的时间不长，但吴三桂也知道，有不少满人都是十分排汉的。
而且尚可喜、耿仲明两人靠得住吗？谁知道他们会不会变挂呢，毕竟这两个人己经降清十余年了，在清廷的人脉和关系都比自己要广，说不定会有人为他们从中周旋呢，那么清廷会不会只许给他们一些条件，先把他们收伏了，然后只来对付自己一个人呢？如果没有了这两个人的帮衬，只剩自己一个人，可就声势大跌了，而且清廷说不定真的会对自己动手了。
因此吴三桂毎天都像热锅上的蚂蚁一样，急得在大营里团团乱转，但就是一点头绪都没有。而就在这时，南京的公文传来，吴三桂才知道洪承畴己经到了南京主持大局，而且阿济格将被调回北京去，同时也接到了洪承畴招他去南京入见的招令。
吴三桂心里稍稍有些安心，清廷把阿济格调回北京，让洪承畴到南京来主持军政，是一种很好的信号，因为这一切的始作蛹者正是阿济格。而洪承畴，以及随洪承畴一起来的袓泽洪、祖可法都是清廷中少数和吴三桂有些交情的人，在明朝的时侯，洪承畴曾是吴三桂的上司，曾在松山大战中，两人曾一起出战，当时的吴三桂是洪承畴最倚重的大将。